تأسس نادي وادي دجلة عام 2002 ويتبع شركة وادي دجلة للاستثمار والتطوير الرياضي.
صعد الفريق الأول لكرة القدم إلى الدوري المصري الممتاز موسم 2009–2010، واستمر لعدة مواسم ضمن أندية الدوري الممتاز، وشارك في عدد من المنافسات المحلية.
يعتمد النادي على الاستثمار الرياضي وتطوير قطاع الناشئين، ويُعد من الأندية الحديثة التي تمتلك بنية رياضية متطورة في مصر.
ولعب ضمن صفوف النادي، النجم الفرنسي الشهير فلوران مالودا في عام 2016.
